Västkom har en styrelse bestående av 12 ledamöter. Styrelsen väljs av föreningsstämman och nomineras av medlemmarna. Varje medlem nominerar 3 ledamöter, vilka skall ha sitt säte i medlemsförbundens styrelsers presidier. Styrelsen har ett arbetsutskott bestående av 4 ledamöter. I arbetsutskottet ingår ordföranden i resp. medlemsförbund.
Föreningsstämman är VästKom:s högsta beslutande organ. Här utövas medlemmarnas rätt att besluta i VästKom:s angelägenheter. Föreningsstämma skall hållas inom sex månader, året efter det år val till kommunfullmäktige hållits.
VästKom har sitt säte i Skövde. I Göteborg finns kansliet som, under styrelsens överinseende, handhar VästKoms:s administration och löpande verksamhet. Chefen för VästKom:s kansli svarar för VästKom:s löpande förvaltning.